色譜柱在吸附樣品時，樣品中所含有的鹽、脂質(zhì)、疏水蛋白質(zhì)和其它一些生物物質(zhì)都有可能與色譜柱發(fā)生相互作用，一些保留值較小的物質(zhì)如鹽類比較容易被沖出色譜柱，而另一些保留性較強(qiáng)的組分，流動相溶液不足以把這些物質(zhì)洗脫下來，多次上樣后，這些吸附在柱子表面的物質(zhì)通常就會積累在柱頭。
　　色譜柱是液相色譜的心臟，在液相色譜儀的使用中，保持色譜柱的柱效、容量和滲透特性，延長柱子的使用壽命非常重要。盡管經(jīng)過數(shù)十年的發(fā)展,出現(xiàn)了各種各樣的色譜柱，如制備柱、分析柱和各種微型柱，但色譜柱主體上仍由柱體、柱內(nèi)填料和兩端的接頭組成。由于使用了填料，并不需要很長的柱長，常規(guī)分析柱多為15~30 cm的直型柱。由于液相色譜柱要承受系統(tǒng)高壓,所以柱體一般選用金屬材質(zhì)。大部分色譜柱的接頭為通用尺寸，可互換使用。
　　色譜柱的正確使用和維護(hù)十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護(hù)色譜柱。
　　1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機(jī)械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內(nèi)的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內(nèi)填料，因此在調(diào)節(jié)流速時應(yīng)該緩慢進(jìn)行，在閥進(jìn)樣時閥的轉(zhuǎn)動不能過緩(如前所述)。
　　2、應(yīng)逐漸改變?nèi)軇┑慕M成，特別是反相色譜中，不應(yīng)直接從有機(jī)溶劑改變?yōu)槿渴撬粗嗳弧?br />　　3、一般說來色譜柱不能反沖，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質(zhì)。否則反沖會迅速降低柱效。
　　4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進(jìn)樣器前面連接一預(yù)柱， 分析柱是鍵合硅膠時，預(yù)柱為硅膠，可使流動相在進(jìn)入分析柱之前預(yù)先被硅膠"飽和"，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。
　　5、經(jīng)常用強(qiáng)溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內(nèi)的雜質(zhì)。在進(jìn)行清洗時，對流路系統(tǒng)中流動相的置換應(yīng)以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應(yīng)是柱體積的20倍左右。
　　通常，色譜柱沖洗就是把色譜柱上的臟東西和對色譜柱有損壞的東西沖出來，并且保存在合適的溶劑中；還有另一種情況，也可以算作沖洗的范疇，就是梯度方法間重新平衡色譜柱的過程。