色譜柱在吸附樣品時(shí)，樣品中所含有的鹽、脂質(zhì)、疏水蛋白質(zhì)和其它一些生物物質(zhì)都有可能與色譜柱發(fā)生相互作用，一些保留值較小的物質(zhì)如鹽類比較容易被沖出色譜柱，而另一些保留性較強(qiáng)的組分，流動(dòng)相溶液不足以把這些物質(zhì)洗脫下來，多次上樣后，這些吸附在柱子表面的物質(zhì)通常就會(huì)積累在柱頭。
　　色譜柱是液相色譜的心臟，在液相色譜儀的使用中，保持色譜柱的柱效、容量和滲透特性，延長柱子的使用壽命非常重要。盡管經(jīng)過數(shù)十年的發(fā)展,出現(xiàn)了各種各樣的色譜柱，如制備柱、分析柱和各種微型柱，但色譜柱主體上仍由柱體、柱內(nèi)填料和兩端的接頭組成。由于使用了填料，并不需要很長的柱長，常規(guī)分析柱多為15~30 cm的直型柱。由于液相色譜柱要承受系統(tǒng)高壓,所以柱體一般選用金屬材質(zhì)。大部分色譜柱的接頭為通用尺寸，可互換使用。
　　色譜柱的正確使用和維護(hù)十分重要，稍有不慎就會(huì)降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護(hù)色譜柱。
　　1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機(jī)械震動(dòng)。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會(huì)影響柱內(nèi)的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會(huì)沖動(dòng)柱內(nèi)填料，因此在調(diào)節(jié)流速時(shí)應(yīng)該緩慢進(jìn)行，在閥進(jìn)樣時(shí)閥的轉(zhuǎn)動(dòng)不能過緩(如前所述)。
　　2、應(yīng)逐漸改變?nèi)軇┑慕M成，特別是反相色譜中，不應(yīng)直接從有機(jī)溶劑改變?yōu)槿渴撬?，反之亦然?br />　　3、一般說來色譜柱不能反沖，只有生產(chǎn)者指明該柱可以反沖時(shí)，才可以反沖除去留在柱頭的雜質(zhì)。否則反沖會(huì)迅速降低柱效。
　　4、選擇使用適宜的流動(dòng)相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時(shí)可以在進(jìn)樣器前面連接一預(yù)柱， 分析柱是鍵合硅膠時(shí)，預(yù)柱為硅膠，可使流動(dòng)相在進(jìn)入分析柱之前預(yù)先被硅膠"飽和"，避免分析柱中的硅膠基質(zhì)被溶解。
　　5、經(jīng)常用強(qiáng)溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內(nèi)的雜質(zhì)。在進(jìn)行清洗時(shí)，對(duì)流路系統(tǒng)中流動(dòng)相的置換應(yīng)以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動(dòng)相的體積應(yīng)是柱體積的20倍左右。
　　通常，色譜柱沖洗就是把色譜柱上的臟東西和對(duì)色譜柱有損壞的東西沖出來，并且保存在合適的溶劑中；還有另一種情況，也可以算作沖洗的范疇，就是梯度方法間重新平衡色譜柱的過程。